L'école St. Thomas était une entreprise de rêve pour un jeune Keralite installé dans une ville industrielle du nord de l'Inde, Bahadurgarh. Porté par les limites du travail sous direction et déchiré entre offrir des opportunités aux privilégiés plutôt qu'aux méritants, MN Thomaskutty, le fils aîné d'enseignants fiers de leur profession, a décidé de créer une école basée sur ses idéaux chrétiens. Bien que la décision de lancer STS ait semblé être une réaction impulsive, au fil du temps, il s'est avéré que c'était la volonté de Dieu à l'œuvre.
L'école a eu un début très modeste le 6 avril 1995 dans la maison du professeur D.B. Malik.